2012 yılından beri devam İznik Nilüfer Hatun İmarethanesi ve Müştemilatı Yapımı Teşhir Tanzimi ve Çevre Düzenlemesi projesi kapsamında 2015 yılında yeni müze binası temel kazılarında ortaya çıkan yapı kalıntılarının üstü kapatılarak korunma altına alındı. Alanda peyzaj çalışması başlatılıp teşhir alanı olarak kullanılacak.
19.06.2012 tarihinde Kültür Ve Turizm Bakanlığı Müzeler Genel Müdürlüğü Bursa Rölöve ve Anıtlar Müdürlüğü tarafından ihalesi yapılması ardından restorasyonu devam eden İznik Nilüfer Hatun İmarethanesi ve Müştemilatı Yapımı Teşhir Tanzimi ve Çevre Düzenlemesi projesi kapsamında yeni müze binası temel kazılarında ortaya çıkan Bizans dönemine ait olduğu belirtilen yapı kalıntısının Kültür ve turizm bakanlığı kültür varlıkları ve müzeler genel müdürlüğü tarafından teşhir edilmeye yeterli bulunmaması ve deforme olmasının önüne geçilmesi düşüncesi ile üstü kapatılarak koruma altına alındı.
Yeni Müze Binası Yenişehir Kapı Bölgesinde Yapılacak
Alınan bilgiye göre yaklaşık 2 dönüm alanda süregelen dolgu çalışmalarının ardından bu bölgede peyzaj yapılarak sergi alanı olarak kullanılacak. 2019 yılında yeni bina inşaatı iptal edilip, içerisinde yaklaşık 16.000 eser barındıran İznik Müzesinin yeni binası, İlçenin Yenişehir kapı bölgesindeki alana yapılacak. Bölgede yer tahsis çalışmaları devam ederken İznik nilüfer hatun imareti içerisinde ve bahçesinde Türk İslam eserleri müzesi çalışmaları devam ediyor.
